Comenda da Ordem da Santíssima Trindade, o templo primitivo sofreu uma profunda reformulação arquitectónica no reinado de D. Manuel, que lhe veio a conferir o aspecto actual, com cobertura em abóbada de nervuras. Na 2ª metade do século XVIII, a igreja foi adornada com altares barrocos, junto ao arco triunfal, e, posteriormente, com retábulo-mor, de estilo rococó.